Acessar o FTP para pequenas alterações

Boa noite,

É o seguinte, caso eu fizer a abertura do FTP e realizar modificações de HTML/CSS, ainda será possível eu utilizar o painel de administração para fazer alterações no layout? Ou TODA alteração que eu precisar terá que ser feita através do FTP?

Eu preciso acessar o código através do FTP, porque preciso alterar a fonte padrão do layout para uma que a Nuvemshop não disponibiliza, e centralizar a logotipo no topo, apenas para essas alterações. Teria como eu fazê-las no FTP e depois continuar a trabalhar normalmente com o painel de alteração de layout, para realizar as outras alterações básicas (cor, posicionamento, etc)?

Agradeço!