Bom dia!
Minha loja de colchões possui produtos em estoque com prazo de entrega em 24 horas, e outros produtos que não tem estoque e se faz necessário fazer pedido a fábrica, e com isso o prazo passa para 25 dias.
Como e onde informar ao cliente os prazos diferentes, independente da modalidade de frete? Ao meu ver o frete esta vinculado principalmente a custo, e não necessariamente a prazo de entrega.
Oi @reidoscolchoes acabei de ver que não te responderam por aqui, não sei se já resolveu essa questão ou não, mas o ideal é que você coloque coloque todas as informações necessárias de entrega na descrição dos produtos.
Além disso, recomendo que crie uma política de entrega, de vendas e de troca em sua loja. Isso ajudará seus clientes á não terem dúvidas quanto a todo processo. 
Legal este dica Nati, mas já vi em outros sites no cálculo do frete mostrar prazos diferentes de acordo com o produto. A Nuvem poderia implantar dentro do item um campo para acréscimos de dias para entrega. Assim iria ajudar muita gente. Por mais que escrevemos na política, o cliente quando digita o cep e vê o prazo ele entende aquilo e não quer nem saber. Com isso corremos o risco ter reclamações e manchar nosso nome, porque cliente não aceita e não lê política. E geralmente não lê nada direito. Já cansei de ver posts em Facebook onde as pessoas fazem perguntas de coisas que estão explícitas na descrição do anúncio. É igual usuário ler mensagens de programas e windows. Ele dá ok em tudo sem saber o que está fazendo. É bem assim =)
@Priscila_Make muito legal esta dica ^.^
Hoje como faço aqui para meus clientes, cadastramos pesos maiores (principalmente quando são produtos pesados ou fora de padrão), pois assim conseguimos usar bem este prazo…
Abraços e Boas vendas